Аллен родился в городке Хэмптон, посещал среднюю школу Bethel High School. Уже тогда он выделялся среди своих сверстников как превосходный игрок не только в баскетбол, но и в американский футбол. В качестве квотербека, привёл свою школьную команду к почётному титулу чемпионов Штата Виржиния, но после окончания средней школы решил сфокусироваться на игре баскетбол.
Аллен получил стипендию в Джорджтаунском университете, расположенном в городе Вашингтон, штат Колумбия. Там же он играл за местную университетскую баскетбольную команду «Hoyas» под руководством легендарного тренера Джона Томпсона. По слухам, именно Томпсон по настоятельной просьбе матери юного Аллена «нашёл» его в Hampton и раскрыл его талант, предложив ему учёбу в колледже и стипендию.
Будучи игроком Джорджтаунского университета, Айверсон дважды становился лучшим защищающимся игроком востока, новичком года на востоке, попадал в первый состав звёзд новичков, а также обладателем золотой медали 1995 года за победу в турнире Международных Университетских игр, проходившем в Японии.
Аллен Айверсон набирал самое большое количество очков за всю историю команды Georgetown Hoyas.
В связи со сложным семейным положением, Аллен был вынужден закончить свою учёбу в университете раньше срока. Проучившись в Джорджтауне всего два года, он был задрафтован в NBA.
